Jään rakennemallin tutkiminen

Näppäinohjeet ovat Windows-ympäristöön. Mac-ohjeet ovat Chimen valikon Mouse-kohdassa.
Voit liikutella mallia viemällä hiiren osoittimen mallin päälle ja pitämällä vasemman näppäimen alas painettuna. Mallin koko muuttuu, kun pidät Shift (Vaihto)-näppäintä alhaalla hiiren vasemman näppäimen lisäksi. Toimintovalikko aukeaa hiiren oikean näppäimen näpäyksellä.

Malli I
Viereisen ruudun lankamallissa näkyvät vain jään sidokset. Punaiset kohdat tarkoittavat happiatomeja ja niistä lähteviä sidoksia, valkoiset kohdat vetyatomeja. Kokeile erilaisia mallityyppejä Display-toiminnolla.
Tässä näkyvä malli on idealisoitu, mutta siitä selviää hyvin jään hilalle tyypillisten rengasrakenteiden muoto.
Tutki mallia ja selvitä renkaan muoto ja vesimolekyylien asento siinä. Wireframe- tai Sticks-mallityyppi on siihen tarkoitukseen sopiva.

Vertaa tuloksiasi ja havaintojasi. | Jään rakennemalli I omaan ikkunaansa

Koska edellinen malli on idealisoitu, kannattaa tutustua myös toiseen jään malliin. Lue ensin seuraava teksti ja näpäytä sitten linkkiä, josta malli aukeaa uuteen selainikkunaan. Tämä ikkuna jää taustalle, jotta voit vilkaista sitäkin tarvitessasi.

Tässä mallissa vetysidoksia ei saa näkyviin.
Vesimolekyylien asento näkyy tässä mallissa luonnonmukaisempana kuin edellisessä.
Sopivasti mallia kääntelemällä hahmottuu samantyyppinen rengasrakenne kuin edellisessäkin mallissa.
Jotta vesimolekyylien välisten vetysidosten ja molekyylien sisäisten H–O-sidosten ero tulisi selväksi, on hyvä mitata mallista atomien välisiä etäisyyksiä.
Avaa Chimen valikko ja valitse sieltä kohta Select ja edelleen Mouse Click Action ja Distance.
Osoita ja näpäytä atomeja, joiden välimatkan haluat selvittää. Lukema tulee selainikkunasi alareunan palkkiin. Lukema on ångströmeinä (1 Å = 10^–10 m)
Vetysidoksen pituuden arvioimiseksi mitataan kahden saamaan renkaaseen kuuluvan vesimolekyylin happiatomien välimatka, siis O–H–O-sidokset. Yhdestä vesimolekyylistä mitataan H–O-sidos.
Suurenna mallia ennen mittausta. O–H–O-välimatka kannattaa mitata spacefill-mallista, koska siitä näkee selvästi, mitkä atomit ovat liittyneet yhteen. Näpäytä vain happiatomeja!
Jään rakennemalli II (uuteen ikkunaan)
Vertaa tuloksiasi ja havaintojasi